在校史上，北大的行政经管议事计划机制，经历过许多重要变更。蔡元培校长曾设立“北京大学评议会”，将其作为学校的非常高权柄机关和立法机关，评议员由教授选出。以后又设立了北京大学行政会议、教务会议等。
改革开放以后，1980年2月9日，北京大学第43次校务会议通过了《校部行政会议轨制》，规定每月召开一次（周六下昼）校务会议，每月召开四次（周五下昼）校长办公会。校长办公会的机能，是“处分全校重要行政工作，决定提请党委常委审批的问题及提交校务会议谈论的议题”。
从1980年至今的40年，是北京大学经历上开展非常好非常快的时期。1000次，这个具有分外作用的数字，反映出来的，是几代北大人接续斗争的历程，是北京大学行政经管改革的功效，也是北京大学不断探索和完善当代大学管理系统的缩影。
校长办公会是北京大学坚持和完善党委老板下的校长负责制的重要实际。北京大学坚持实行党委老板下的校长负责制，严酷执行“三重一大”计划轨制，积极推动学校党政会议轨制和工作机制改革，先后订定并当令修订《北京大学党委常委会工作规则》《北京大学校长办公会工作规则》等相关规章轨制，并将党委常委会、校长办公会在校务计划中的胜利实际履历上升为轨制功效。
校长办公会是校长研究决定学校讲授、科研和其余行政经管工作的重要形式。校长通过校长办公会利用职权，提出拟在党委常委会通报或谈论决定的重要事项，并详细布置落实党委决议。在校长办公会上，校长可以根据需求指定列席人员，听取会议定见后在其职权局限内作出决定。
校长办公会是北京大学不断完善中国特点当代大学管理系统的重要探索。学校不断深化管理系统改革，探索确立中国特点当代大学轨制，连接推动依法治校和概括改革，提升计划的科学化、民主化、法治化程度，学校管理的当代化程度不断提升。